検索結果でダウンロード
接続が安定したら、適当なキーワードで検索してみましょう。
左上の検索欄にキーワードを入力し「▲検索」をクリックします。and検索はスペースです。

このように検索結果が表示されます。ダウンロードしたいファイルがあったら左ダブルクリック、または右クリックから「ダウンロード」を選択。
あとはゆっくり気長に待ってください。ファイルを完全にダウンロードするにはファイルを持っている人がネットワーク上に存在していることが必要です。
つまり、欲しいファイルを持っている人がWinnyを終了してしまえばそのファイルのダウンロードはできないということです。
ハッシュを指定しダウンロード
検索結果の表示されるタブで、検索結果を選択せずに右クリックします。

「条件を指定してダウンリストに追加」を選択し、ハッシュを直接入力します。ハッシュは掲示板等で公開されています。検索結果に依存しないので、確実にあるファイルをダウンロードしたい場合に有効です。

条件を指定しダウンロード
いわゆる「地引」と呼ばれる方法。条件を指定し、条件に一致したものを全てダウンロード登録します。

ダウン条件の「ダウン追加」をクリック。

この場合、ファイル名に「合法」「ポエム」どちらもついているファイルをすべてダウンロードリストに追加します。
通常のダウンロードに比べ負荷が高いこと、条件によっては全く必要のないものまで自動で登録してしまうことなどから、初心者のうちは難しいダウンロード方法かと思います。
特に、地引ダウンロードをされることを考えて名前を付けられた嫌がらせ目的、ウィルスが混入したファイルが厄介です。
無視条件、サイズ上限、下限などを利用し、そのようなファイルをダウンロードしないように設定しましょう。
クラスタ
Winnyは中央サーバを必要としないP2Pですから、検索結果などはそれぞれのWinnyの使用者に依存しています。
なので、これをそのまま接続させると、接続できる相手の数は限界があるわけですから、欲しいファイルをもったノードを見つけられない可能性が高くなります。
クラスタは同じようなクラスタを設定している使用者を近づける機能です。これで「動画が欲しい人」「猫の画像が欲しい人」「お笑い画像が欲しい人」などがWinnyネットワーク上で纏まるため、効率が良くなるのです。→クラスタのイメージ

Winnyではダウンロード条件の最初の3つはクラスタとして扱われます。
*が先頭についているものです。

設定方法は、基本的には通常ハッシュを指定してダウンロードをする時などと同じです。
そしてクラスタ指定用にダウン不可能な条件を設定します。これを忘れると条件が一致したファイルが片っぱしから登録されるため、大変なことになってしまいます。
一部、特殊クラスタというものも存在します。ジャンルごとに決められたクラスタワードです。当然、ただのクラスタよりもこちらの方が欲しいファイルが見つかる可能性が高いです。ググったりすれば見つかるかと思います。
ダウンロード枠
Winnyのダウンロード枠はアップロード速度に依存しています。ダウンロード枠は初期の状態では2枠となっていますが、もしアップロード速度が1040kB/sにまで上がれば、16枠になります。