Winnyの導入まで
Winnyをダウンロードし、適当な場所に解凍してください。
起動後
解凍したフォルダにあるWinny.exeを起動すると、必要なファイルが自動生成されます。このとき
指定されたキャッシュフォルダが見当たりません。生成しますか?
などのダイアログが表示された場合、基本的には「はい」を選択してください。

画像では設定をしていないので、ファイル共有ソフトとしての動作は全くしていません。
これから設定をしていくことになります。
設定
右上にある設定をクリック。

自ノードのUPの限界速度
自分の回線にあったものにしましょう。詐称すると結果的には速度が遅くなります。
回線速度はhttp://www.bspeedtest.jp/などで調べることができます。
ファイル転送に用いるポートのポート番号
TCPポートを開放し、そのポート番号を入力します。ルータ等を使っている人は説明書を見てポートを開放しましょう。
ファイアウォールを使っている方は、そのポートも解放する必要があります。
UPnPCJというソフトで簡単にポートを開けられるルータもあります。
ポートが正常に開放されているかどうかは下で確認できます。
BBS待ち受け(LAN用)に用いるポート番号
BBSを使わないならここは設定の必要はありません。使う場合はポートを開放しその番号を入力しましょう。
ファイル転送用ポートに対する外部からの接続が不可能
通称Port0。ネットワークのことを考えると普通はポートを開放するべきなのですが、どうしてもポートを開放できない環境の場合があります。
そのような場合はここにチェックを入れましょう。
しかし、Port0はポートを開放している人に比べかなりの制限がかかります。検索結果が少なくなったり、転送に時間がかかったり・・。
ポートを開放している人がPort0を弾くようにしてる場合も少なくはありません。
DDNS名
ほとんどの人は何も入力する必要はありません。
保持する仮想キーの最大数
高くすれば高くするほど検索結果が増えますが、同時に負荷も増えます。最近のPCなら最高設定でも問題ないかと思います。
入力したら、「設定」を押してください。
Winnyの再起動を促されます。従って再起動しましょう。
ノードの追加
左上の「ノード追加」からノードを追加します。

http://nynode.hp.infoseek.co.jp/
などで適当なノードを取得し入力しましょう。ノードはたいてい暗号化されています。

また、ノードは複数を一括で登録することもできます。ノードを1つずつ入力ではいつ繋がるかわからない(相手がWinnyを起動している必要があるため)ので、こちらの方がおすすめです。
WinnyではノードをWinny.exeと同じフォルダにあるNoderef.txtで管理しているので、そのファイルにノードを直接入力します。

このように1行に1つのノードを入れます。ノード登録サイトではたいていtxtファイルが公開されているので、それをNoderef.txtというファイルネームでWinnyのあるフォルダに保存でも構いません。
ノードリストはWinnyを起動中に直接書き込んでも反映はされません。その場合はWinnyの再起動が必要です。
通信開始
接続をオンにすれば通信が開始します。

この時、ポートエラーで接続が中断される場合は、ポートが正常に開放できてないなということです。設定を見直しましょう。
フォルダの変更

フォルダを参照し設定を押せばOK…のように思えますがバグでエラーが出てWinnyが落ちてしまいます。
バージョンアップが続けば直ったでしょうが、どうしようもありません。
「参照」は使わず、直接フォルダへのパスを入力し「設定」をクリック。これならばWinnyは落ちません。