Perfect Darkの導入まで
解凍すると中にperfect dark.exeがあります。
起動後
起動すると必要なファイルが生成されるとともに、このようなウィンドウが表示されます。

同意し、「次へ」を押すと、フォルダやファイルが自動生成されるとともに、このようなウィンドウが表示されます。

「OK」を押し設定を始めましょう。
設定
接続回線の種類
自分の回線にあったものにしましょう。詐称すると結果的には速度が遅くなります。
ポート
ポートを開放し、そのポートを入力します。ルータ等を使っている人は説明書を見てポートを開放しましょう。
ファイアウォールを使っている方は、そのポートも解放する必要があります。
UPnPCJというソフトで簡単にポートを開けられるルータもあります。
ポートが正常に開放されているかどうかは下で確認できます。
インターフェースポート
デフォルトで構わないかと思います。
プログラムを自動的に更新する
チェックを入れたままで構いません。

帯域制限
帯域を制限します。あまり速度を出し続けると規制が入るISPの方は制限した方がいいかもしれません。
基本的には制限なしで構わないかと思います。

Unity サイズ制限
いわゆるキャッシュフォルダのサイズ制限です。デフォルトだと40GBです。最低40GBなので、減らすことはできません。HDDに余裕のある方は増やしましょう。
ダウンロードフォルダ、Unityフォルダ
起動時に自動生成されたフォルダのパスが入っているかと思います。変更したい方だけ変更しましょう。
使用するサイン
ファイルをUPする人がつけ、なりすましを防止します。自らUPしない人はつける必要がないかと思います。
一部、サイン必須のボードがあります。
入力したら、「OK」を押してください。
IPアドレス/portの追加
次に、このようなウィンドウが表示されます。

Perfect Darkノード登録所などで、ノードを探し入力してください。
通信開始

このようなウィンドウが表示されるかと思います。もちろん従いましょう。
OKを押せばPerfect Darkが動作します。

この時、左上に赤い文字でPerfect Dark is offline.としばらく表示されるようならポート開放が上手くいっていないということです。この状態ではいくらやっても無駄です。素直にポートを開放しましょう。
しばらくしてPerfect Dark is online.と表示が変わった場合は問題ありません。